1887年时，刚建城不久的朱诺。
早在欧洲移民者来到北美洲前，加斯蒂诺海峡就一直是美国西北部的原住民族特林吉特人（Tlingit）经常活动的区域，他们在附近地区捕鱼，但并没有在此处建立任何固定的聚落。1880年，来自阿拉斯加矿业城市矽地卡（Sitka）的矿业工程师乔治·皮尔兹（George Pilz）悬赏征求当地的部落酋长带领他们寻找金矿，可威酋长（Chief Kowee）回应这要求带领了一些寻矿者（Prospectors）前往黄金溪（Gold Creek）地区探索但徒劳无功。第二次，在可威酋长的带领之下，乔·朱诺（英语：Joe Juneau (prospector)）（Joe Juneau）、理察·哈里斯（英语：Richard Harris (prospector)）（Richard Harris）等人重新前往加斯蒂诺海峡探索，并且来到黄金溪的源头雪崩谷（Snow Slide Gulch），在那里找到大量的砂金。
1880年10月18日，朱诺与哈里斯两人规划了一个约0.6平方公里的区域作为城镇的范围，在此建立了一个全新的采矿营地，并且在一年内由营区迅速成长为一个小镇，这也是美国从俄罗斯手中买下阿拉斯加之后，第一个建立的阿拉斯加城市。刚建城时，此地原本被命名为哈里斯堡（Harrisburg，名称来源是建城者之一的乔治·哈里斯），但稍后又改名为洛克威尔（Rockwell）。1881年，一群矿工聚集开会决定将城镇依照另外一位建城者乔·朱诺的名字，改名为朱诺，一直沿用至今。
1906年，阿拉斯加原本的首府矽地卡因为捕鲸业与兽皮交易业逐渐下滑而没落，失去了重要性，相反的朱诺正因为蓬勃发展的金矿开采而逐渐重要，曾经一度朱诺的境内有三座大型的金矿，产量高居世界第一，因此该州首府正式迁到朱诺。由于地理位置等原因，朱诺是美国本土各州的首府中唯一一个没有道路与美国其他部分的土地相连的城市，从美国本土直接到达朱诺只能依靠海空运输。从朱诺出发前往阿拉斯加州内其他城市也仅能依靠海运和空运，不能从公路直达。
在1970年之前，阿拉斯加州的次级行政单位朱诺自治市（Borough of Juneau）与朱诺市原本是不同的行政区域，但在1970年时包括道格拉斯市（英语：Douglas, Juneau）（City of Douglas）在内的一些邻近地区被合并至朱诺市界内，使得朱诺市与朱诺自治市的行政范围完全重叠，因此整并成为今日的合并郡市政府。